D'ora in poi, quando uscirete dall'ambiente chroot e vorrete rientrarvi dovrete usare il seguente comando chroot modificato:
chroot "$LFS" /usr/bin/env -i \ HOME=/root TERM="$TERM" PS1='\u:\w\$ ' \ PATH=/bin:/usr/bin:/sbin:/usr/sbin \ /bin/bash --login
La ragione di questo è che, poiché i programmi in /tools non sono più necessari, potreste volere cancellare l'intera directory e riguadagnare lo spazio. Prima di cancellare la directory, uscite da chroot e rientratevi con il comando sopra. Inoltre, prima di rimuovere /tools, potete archiviare la directory con tar e memorizzarla in un posto sicuro, nel caso vogliate costruire un altro sistema LFS in futuro.
La rimozione di /tools rimuoverà anche le copie temporanee di Tcl, Expect e Dejagnu, che venivano usate per eseguire i test della toolchain. Se volete usare più tardi questi programmi, dovrete ricompilarli e reinstallarli. Le istruzioni di installazione sono le stesse del Capitolo 5, a parte il cambiamento del prefisso da /tools a /usr. Il libro BLFS discute un approccio leggermente differente all'installazione di Tcl, vedete http://www.linuxfromscratch.org/blfs/.
Potreste anche voler spostare pacchetti e patch archiviate in /sources in una locazione più usuale, come /usr/src/packages, e rimuovere la directory (o semplicemente cancellare l'intera directory se avete masterizzato il suo contenuto su un CD).