Ci sono due tipi di opzioni che si possono passare ad Autodir. Quelle del primo tipo sono opzioni per autodir stesso e sono comuni a qualsiasi modulo venga utilizzato. Lo opzione dell'altro tipo sono specifiche del modulo usato. Queste sono dette sotto opzioni e sono passate al modulo utilizzato; sono distinte da quelle principali dall'opzione -o. Il tutto è molto simile alle sotto opzioni utilizzate con il comando mount.
Per esempio, le sotto opzioni per il modulo di esempio autohome possono essere passate come segue:
-o 'realpath=/tmp/autohome,level=2,noskel'
Qui realpath, level e noskel sono sotto opzioni del modulo autohome.