I progetti si dividono in due categorie: progetti «principali» e progetti «secondari». I progetti principali sono quelli che non rientrano nello scopo di alcun progetto già esistente nel PLUTO; i progetti secondari sono sottoprogetti di progetti già esistenti.
L'ammissione di un progetto principale si discute nella lista pluto-admin@lists.pluto.it (lista dei coordinatori di progetti); l'unica caratteristica necessaria per l'ammissione di un nuovo progetto è la coerenza con la filosofia del PLUTO.
L'ammissione di un progetto secondario si discute all'interno della lista del progetto principale corrispondente, con i criteri indicati sopra, e viene decisa dai coordinatori del progetto, tenendo conto della discussione in lista.
I criteri per la valutazione di un progetto sono:
- software libero o progetti di stampo libero (il che comprende la non discriminazione di individui o gruppi, come dalle specifiche open source);
- software o progetti che non violino le leggi vigenti.
La non eticità del software o delle attività del progetto proposto può essere portata a motivazione della non accettazione di un progetto solo se supportata da almeno un terzo degli iscritti ad admin (che è diverso dai votanti).