In questo momento la directory /tools appartiene all'utente lfs, un utente che esiste solo sul sistema in uso. Sebbene probabilmente si vorrà cancellare la directory /tools quando si sarà finito il sistema LFS, si potrebbe anche volere tenerla, per esempio per cotruire altri sistemi LFS. Tuttavia, tenendo la directory /tools così come è, ci si ritroverà con dei file appartenenti ad un utente di cui non esiste il corrispondente account. Questo è pericoloso, poiché un utente creato successivamente può avere questo stesso nome utente, e improvvisamente diverrebbe il proprietario della directory /tools e di tutti i file in essa contenuti, il che esporrebbe questi file a possibili manipolazioni.

Per evitare questa eventualità, si può aggiungere l'utente lfs al nuovo sistema LFS più tardi, quando si crea il file /etc/passwd preoccupandosi di assegnare gli stessi ID utente e gruppo come nel proprio sistema. In alternativa, si potrebbe (e il libro suppone che venga fatto) assegnare il contenuto della directory /tools all'utente root eseguendo il seguente comando:

chown -R 0:0 /tools

Il comando usa 0:0 invece di root:root, perché chown non è in grado di risolvere il nome “root” fino a quando non viene creato il file password.