Il modulo PAM pam_mkhomedir utilizza l'architettura Pluggable Authentication Module per questa operazione. Così com'è, ci sono delle limitazioni. Per esempio:
Alcuni server potrebbero non autenticare gli utenti ma aspettarsi che le loro directory esistano. Questo significa che non utilizzano PAM e, a sua volta, che pam_mkhomedir non ha la possibilità di creare le directory home. L'esempio più tipico è quello dei server di posta.
PAM è sempre un componente opzionale per l'autenticazione. Alcuni servizi potrebbero non usare PAM ed utilizzare un diverso metodo di autenticazione degli utenti. In questo caso pam_mkhomedir non sarà mai usato.
In genere /home è controllata da root e solo gli utenti root possono creare directory home al suo interno. Dunque il servizio che vuole creare directory home con PAM deve essere eseguito come root oppure la directory home deve avere gli stessi permessi come, per esempio, /tmp.
Infine Autodir ha un utilizzo più ampio e supporta funzionalità più interessanti.