Un errore importante è quello di dimenticare di mettere un tag <p> dopo l'intestazione di una sezione. In quel caso non c'è una fine dell'intestazione della sezione: tutto il paragrafo successivo diventa parte dell'intestazione e viene inserito nell'indice. LinuxDoc dovrebbe essere migliorato per poter individuare questo tipo di errori; per farlo manualmente, si guardi l'indice in formato testuale o html. Per correggere basta inserire il tag "p" mancante.
Quando si esegue un programma linuxdoc (sgml2html o sgml2txt, per esempio) è possibile che si ottengano messaggi di errore. È necessario modificare il documento e correggere gli errori.
Un errore comune è la mancanza delle virgolette finali. Se si ottiene un messaggio di errore che non ha senso e si nota che nella posizione corrispondente all'errore sono presenti delle virgolette (" ") che sono corrette, allora è probabile che l'errore consista nell'aver in precedenza inserito una virgoletta di apertura a cui non ne corrisponde una di chiusura. Ad esempio <.... id="mia pagina web >, così che linuxdoc pensa che la virgoletta successiva, che può anche essere molti paragrafi dopo la posizione della virgoletta mancante, sia la virgoletta di chiusura. Dopo la falsa virgoletta di chiusura si aspetta quindi un carattere > che chiuda il tag, ma non lo trova. Per trovare e correggere la virgoletta mancante, si ricerchi una " precedente.
Un unico errore può causare molti messaggi di errore. Nell'esempio precedente, vari tag possono essere contenuti all'interno delle virgolette sbagliate mentre non avrebbero dovuto essere all'interno di alcuna virgoletta. Di conseguenza linuxdoc non li troverà; ciò fa sì che non sappia che un certo tag è stato aperto e, se trova un tag di chiusura, dirà che un certo tag non è stato aperto. Per esempio, se mancasse il tag <itemize>, allora i tag <item> non avrebbero senso per linuxdoc ed esso riporterà un errore per ciascuno di questi tag trovato dopo la falsa virgoletta di chiusura.
È bene sapere che l'uso delle maiuscole o minuscole per i nomi dei tag non è importante, perciò i messaggi di errore saranno mostrati con i nomi dei tag in maiuscolo anche se sono stati inseriti in lettere minuscole.
Capire al meglio i messaggi di errore richiede la conoscenza del gergo relativo all'sgml, il che non è veramente necessario a meno che non si ottengano errori che non si riescono a correggere e dei quali non si capisce il messaggio di errore. La sezione seguente tratta del gergo sgml.